洁净室通过使用HEPA或ULPA来维持无颗粒空气采用层流或湍流气流原理的过滤器。层流或单向气流系统将过滤后的空气向下或沿水平方向以恒定的流向固定在靠近洁净室地板的墙壁上的过滤器或通过凸起的多孔地板面板进行再循环。层流气流系统通常用于80%的洁净室天花板,以保持恒定的空气处理。不锈钢或其他非脱落材料用于构造层流气流过滤器和罩,以防止过量的颗粒进入空气。湍流或非单向气流使用层流气流罩和非特定速度过滤器来使洁净室中的空气保持恒定运动,尽管并非所有气流都在同一方向上。粗糙的空气试图捕获可能在空气中的颗粒并将它们推向地板,在那里它们进入过滤器并离开洁净室环境。美国FDA和欧盟已制定了微生物污染的指导方针和限制,这对于确保药品中的微生物污染没有严格限制。